En bref
- Nouvelles règles dès le 1er septembre 2026
- Cerfa sécurisé obligatoire sur papier
- Durées et contrôles davantage encadrés
Des millions de travailleurs vont voir les règles des arrêts maladie évoluer à partir du 1er septembre 2026. Le décret publié le 29 juillet 2026 touche d’abord les fonctionnaires et les agents contractuels, avec un objectif clair, rapprocher davantage la fonction publique du régime déjà appliqué aux salariés du privé.
Une réforme qui vise d’abord la fonction publique
Le texte cible directement les agents publics. Il modifie plusieurs points, du format des arrêts de travail aux conditions de contrôle, en passant par les prolongations et le maintien de la rémunération.
Ce n’est pas un détail. Une partie des règles en vigueur dans le privé est désormais étendue au public, ce qui change la gestion concrète des congés pour raison de santé dans les administrations.
Le formulaire papier sécurisé devient la règle
À compter du 1er septembre, un arrêt de travail rédigé sur papier devra passer par le Cerfa sécurisé lorsqu’il n’est pas transmis de façon dématérialisée. Cette obligation s’appliquera aux agents publics.
Ce document n’arrive pas de nulle part. Les salariés du privé doivent déjà l’utiliser depuis septembre 2025. Il se reconnaît à plusieurs éléments de sécurité et vise à freiner la fraude, notamment la vente ou l’usage de faux arrêts de travail.
Durée des arrêts et prolongations, un cadre plus strict
Autre changement, la durée des prescriptions sera mieux bornée pour tout le monde. Une première prescription ne pourra pas dépasser 31 jours. Une prolongation sera limitée à 62 jours.
Des exceptions restent prévues. Si l’état de santé le justifie, le professionnel de santé pourra prescrire plus long, à condition d’en préciser la raison sur l’avis d’arrêt de travail.
Pour les agents publics, les prolongations deviennent aussi plus encadrées. En principe, le maintien de la rémunération dépendra d’une prolongation prescrite par le professionnel de santé qui a établi l’arrêt initial. Des exceptions existent dans certains cas prévus par le Code de la sécurité sociale.
Contrôles et temps partiel thérapeutique, deux autres bascules
L’administration pourra aussi renforcer les contrôles des agents en congé de maladie ordinaire, de longue maladie ou de longue durée. Si l’arrêt impose une présence au domicile ou sur le lieu de repos, le respect de cette obligation pourra être vérifié.
La sanction peut être financière. En cas de refus du contrôle, ou d’absence sans justification, le versement de la rémunération pourra être interrompu jusqu’à la fin de l’arrêt.
À l’inverse, certaines ouvertures sont prévues. Sous conditions et après avis favorable d’un médecin agréé, un agent pourra suivre une formation ou effectuer un bilan de compétences pendant certains congés pour raison de santé.
Depuis le 1er août 2026, le temps partiel thérapeutique a déjà changé. L’administration dispose désormais de 30 jours maximum pour répondre. Un refus, qu’il porte sur une première demande, un renouvellement ou une interruption décidée par l’employeur, doit être motivé. La durée totale reste plafonnée à un an, les renouvellements obligatoires tous les un à trois mois disparaissent, mais les quotités de travail, entre 50 % et 90 % d’un temps plein, ne bougent pas.
