En 1974, il accède au poste de Secrétaire Général de la Fédération des Employés et Cadres avant de faire, six ans plus tard, son entrée au bureau confédéral. En 1989, à l’issue d’un congrès houleux, il l’emporte d’une courte majorité sur Claude Pitous (53,6% des voix) à la tête de FO. Il est réélu à une majorité écrasante (98%) en 1992, puis en 1996 avec 85% des voix, avant d’être ovationné lors de sa réélection pour un dernier mandat en 2000. Quatre ans plus tard, Jean-Claude Mailly, considéré comme l’héritier de la ligne Blondel, lui succède.
En 2011, il avait été condamné dans le dossier des emplois fictifs de la ville de Paris, remontant aux années 1990. Accusé d’avoir bénéficié d’un garde du corps, il avait été reconnu coupable de recel d’abus de confiance et de recel de détournement de biens publics. Il avait été dispensé de peine. Veuf, Marc Blondel avait épousé en décembre 1996, en secondes noces, Josiane Gobert, sa secrétaire et compagne depuis 20 ans.