Ces virus géants intriguent les chercheurs avec des gènes inédits

Des virus d’une même famille qui ne partagent qu’environ la moitié de leurs gènes codant pour des protéines, c’est peu. Et c’est précisément ce qui intrigue les chercheurs autour des pandoravirus, des virus géants dont une large partie du génome semble composée de gènes absents du reste du monde vivant.

Des gènes qui ne ressemblent à rien de connu

L’histoire a commencé en 2013, quand deux membres d’une même famille avaient déjà surpris par la taille de leur génome et par la présence de gènes sans équivalent connu. Depuis, l’équipe du laboratoire Information génomique et structurale, rattaché au CNRS et à l’Université Aix-Marseille, a identifié trois nouveaux membres d’une des quatre familles de virus géants, les pandoravirus.

Ces virus sont aussi grands que certaines bactéries. Leur génome, lui, est particulièrement chargé, avec environ 1.500 à 2.000 gènes. En comparant ces nouveaux spécimens aux six pandoravirus déjà connus, les chercheurs estiment qu’ils inventeraient leurs propres gènes. En gros, beaucoup de séquences observées n’ont pas d’équivalent repéré ailleurs.

Trois nouveaux spécimens, de Marseille à Melbourne

La découverte s’est faite sur plusieurs terrains. L’un des nouveaux virus, baptisé Pandoravirus quercus, a été trouvé au pied d’un chêne à Marseille. Les deux autres spécimens ont été repérés à Nouméa et à Melbourne.

Ce qui frappe, ce n’est pas seulement leur dispersion géographique. C’est le contraste entre leur appartenance à une même famille et leur diversité génétique. Les chercheurs ont relevé qu’ils ne partageaient qu’une moitié de leurs gènes codant pour des protéines. Résultat, une part importante de leur matériel génétique apparaît comme originale, sans correspondance connue chez les autres organismes vivants.

Pourquoi cette découverte ne vise pas l’humain

Le terme virus géant peut impressionner, quand même. Mais le cadre de ces travaux est très précis. La directrice du laboratoire, Chantal Abergel, explique que l’équipe recherche uniquement des virus capables d’infecter des amibes, qui servent ici de cellule hôte.

Elle a ainsi précisé que « Nous ne cherchons que les virus capables d’infecter des amibes, leur cellule hôte, car c’est sans risque pour les humains. On travaille évidemment dans des conditions de sécurité maximum ». Autrement dit, ces recherches ne concernent pas des agents infectieux ciblant l’être humain.

Le CNRS a d’ailleurs présenté ces travaux sur son site. Ce qui ressort surtout, c’est la singularité de ces pandoravirus, à mi-chemin entre familiarité de famille et étrangeté génétique. Et c’est là que la découverte compte, parce qu’elle bouscule l’idée qu’on se fait d’un virus aux contours bien connus.

Vos questions, nos réponses

Qu’appelle-t-on un virus géant ?

Un virus géant est un virus dont la taille et le génome sont bien plus importants que ceux de la plupart des virus connus. Dans le cas des pandoravirus, cette ampleur les rapproche même de certaines bactéries sur le plan de la taille, ce qui sort du cadre habituel.

Pourquoi la présence de gènes inédits intéresse-t-elle autant les chercheurs ?

Parce qu’un gène sans équivalent connu complique la lecture classique du vivant. Si une grande partie du génome ne ressemble à rien de déjà catalogué, cela suggère des mécanismes d’évolution ou d’apparition des gènes encore mal compris.

Ces pandoravirus représentent-ils un danger pour la population ?

D’après l’équipe qui les étudie, non. Les recherches portent sur des virus qui infectent des amibes, pas des cellules humaines. C’est un point central, justement rappelé pour éviter toute confusion autour du mot virus.

Pourquoi comparer les nouveaux virus aux anciens membres de la famille ?

Cette comparaison permet de mesurer ce que les pandoravirus ont en commun et ce qui les distingue. Ici, le fait qu’ils ne partagent qu’environ la moitié de leurs gènes codant pour des protéines montre une diversité interne très élevée, inhabituelle à ce niveau.